Тут нужно понимать, что Arduino это средство прототипирования, т.е. вы можете быстро и дешево обкатать схемотехнику и алгоритм работы проекта. Далее у вас три пути действия.
1. Самый простой. 1-10 экземпляров устройства. Вы разрабатываете силовой шилд ля вашей платы и тупо втыкаете туда плату.
2. Более сложный. Мелкосерийное производство простых устройств. Вы разрабатываете полную плату на МК. По сути плата Arduino это МК Atmega 328 с минимальной обвязкой, (в схемах часто густо и этого не надо, но надо то чего нет). прошивка заливается в МК по SPI.
3. Самый сложный. Разрабатывается полностью новая плата, возможно с другим МК, разрабатывается новая программа в другой среде программирования на языке СИ или даже ассемблер, но с учетом полученного алгоритма. В связи с массой особенностей стандартные библиотеки Arduino имеют массу ограничений и компилятор создает медленный и очень большой код, не всегда это допустимо. Так же часто густо случается что возможности МК Atmega 328 для разрабатываемого проекта излишни или наоборот недостаточны, т.е. для крупносерийного производства стоит использовать либо более простой либо более сложный МК