Для оптимизации такой задачи можно использовать паттерн Фасад, который позволит скрыть сложность системы от пользователя и позволит ему работать с упрощенным интерфейсом. В вашем случае, можно создать класс узла, который будет иметь свойства, описывающие его состояние (клиент, сервер и т.д.), а также методы для отображения и скрытия объекта. Затем можно создать класс-фасад, который будет управлять отображением всех узлов на топологии сети в зависимости от заданных параметров. Таким образом, программа будет загружать только те объекты, которые необходимы для текущей конфигурации сети, что позволит сократить время загрузки и использование оперативной памяти.

Проблема в том, что когда ты компилируешь приложение в один файл (--onefile), все ресурсы упаковываются внутрь исполняемого файла и извлекаются во временную директорию во время выполнения. Путь к файлу иконки уже не соответствует тому, что был в исходном проекте.
Используй относительные пути с правильным флагом --add-data

pyinstaller --name Analyzer --icon=icon.ico --add-data "icon.ico;." --noconsole --onefile main.py

теперь твоя иконка будет добавлена в сам твой файл уже
Лично таких проблем как у тебя не было у меня.

И чтобы бы ты представлял правильность кода:

import os
import sys
import tkinter as tk
from PIL import Image, ImageTk

class AppResources:
    def __init__(self, relative_path: str):
        self.relative_path = relative_path
        self.base_path = self._get_base_path()
        self.absolute_path = self._get_absolute_path()
    
    def _get_base_path(self) -> str:
        return sys._MEIPASS if hasattr(sys, '_MEIPASS') else os.path.abspath(".")
    
    def _get_absolute_path(self) -> str:
        return os.path.join(self.base_path, self.relative_path)
    
    def load_image(self) -> ImageTk.PhotoImage:
        return ImageTk.PhotoImage(Image.open(self.absolute_path))

class App(tk.Tk):
    def __init__(self, icon_path: str):
        super().__init__()
        self.icon_path = icon_path
        self._setup_ui()
    
    def _setup_ui(self):
        self.title("Optimized Tkinter App")
        self.geometry("400x300")
        self._set_icon()
    
    def _set_icon(self):
        resources = AppResources(self.icon_path)
        icon = resources.load_image()
        self.iconphoto(True, icon)

if __name__ == "__main__":
    app = App("icon.ico")
    app.mainloop()