Евгений Хабаров

OS X в виртуалке будет тормозить еще больше. Лучше докупите оперативки в мак и/или установите SSD.

Можно, но я бы не советовал. Лучше найдите диск или загрузите в сеть весь бэкап.

Какой у вас опыт в программировании? И что конекретно хотите разработать на JavaEE?
------------ UPDATE --------
Тода предлагаю вам не заморачиваться на книгах сильно) А брать на вооружение JSF - это если хотите интерфейсы на джаве писать ближе по стилю к HTML,или если вам ближе десктоп разработка то GWT. Это фреймворки для отрисовки вебинтерфейсов (по MVC паттерну).
Дальше вам нужен либо ejb(спецификация) либо spring (открытый) - на котором будут серверные компоненты реализованны.
Дальше слой работы с бд, классика - jdbc (тоже посмотрите спринг) или более современное JPA - hibernate или еще какая реализация.
Так же посмотрите вебсервисы - соап - рест, потом еще секурити не забудьте(тоже спринг рекомендую глянуть)
В общем я думаю если вы достаточно опытны(в моем понимании) вам книги уже не нужны - можете спеку полистать.

ООооо пока все писал вспомнил!
Вот отлично и полностью раскрыта тема jee:
docs.oracle.com/javaee/6/tutorial/doc

Настоятельно рекомендую этот туториал (кстати есть перевод в нете)

Чтобы узнать, что пишет на диск, нужно запустить iotop
Если сервер "подтормаживает", надо посмотреть, что занимает процессор, и процессор ли занят - возможно, занята дисковая подсистема. Обычно команда top справляется с этой задачей.
Все это не имеет никакого отношения ни к информационной безопасности, ни к хакерам.
"Хакерская активность" - это что за активность такая? В чем она обычно проявляется? Если в том, что кто-то взял и сломал дырявый вордпресс, то такое легко ищется по крону путем поиска в .php файлах команды eval. Вообще, просматривать файлы на предмет их изменений - хорошая идея, этим занимаются Tripwire и AIDE. Вторая хорошая идея - разграничивать полномочия так, чтобы "хакерской активности" на сервере не наблюдалось - нельзя сломать сервис, если он публично не доступен. Третья хорошая идея - поставить мониторинг логов сервисов и смотреть аномалии.

Программы на C/C++ работают быстрее за счёт отказа от контроля всего и вся (расхода памяти, переполнения стека, корректности указателей), за счёт явной и жёсткой типизации переменных, за счёт меньшего количества обёрток вокруг типов данных. Но это позволяет программисту выстрелить себе в ногу таким количеством способов, которые в Java и не снились.