Отвечу по документации...
1. Формат.
Для вас лучше это делать в plain text, т.к. даже будучи в консоли, вы всегда сможете их прочитать.
Форматы: любой из .md, .rst, asciidoc (т.к. есть возможость визуализировать из в pretty format) внутри различных систем.
2. Хранение
Способ хранения - только SCM (какой именно: git, svn, hg или более старое - не знаю, что вы используете). Поясню, почему не файловая система:
- вам важно знать state вашего оборудования на определенный момент. Т.е. вы всегда можете посмотреть конфигурацию, актуальную месяц/два назад и выявить проблемы.
- вы всегда можете сделать diff и посмотреть изменения. Часто, это должно быть сделано не просто сейчас, а "внезапно" :)
Использовать atlassian confluence, как говорят выше, я для ваших задач НАСТОЯТЕЛЬНО НЕ рекомендую. Причина:
- вы привязаны к вендору (даже за 10 баксов за мин. лицензию). Если вы откажетесь от вендора вы НЕ сможете выцепить ее - только copy/paste или покупкой плагинов за сотни баксов.
- у атлассиана разметка жестко забита в софт. Там нельзя выгрузить wiki разметку (кроме как при покупке плагинов за сотни баксов, например, scroll)
- и, самое главное, вам не просмотреть текст в консоли!
3. Визуализация
Здесь все зависит от количества времени, которое вы готовы потратить. Знаю, существуют решения для визуализации md для обычный wiki. Здесь вам лучше погуглить оптимальный вариант для предыдущих двух пунктов.
