вот хорошая статья по настройкам Mysql
habrahabr.ru/post/108418
mysqltuner всего лишь один из инструментов и его рекомендации не окончательные, однако определенная польза есть.
следует поэкспериментировать с параметрами, указаными в статье, обратив внимание на то что существует определенный баланс, переходя который при увеличении параметров mysql будет становиться не только лучше, но и хуже.
а в целом база у вас небольшая, возможно стоит включить лог медленных запросов, посмотреть что там у вас за медленные запросы, подумать, можно ли как-то переписать запросы в сторону увеличения быстродействия.
так же можно посмотреть в сторону расстановки необходимых индексов, часто это сильно помогает.
ruhighload.com/post/%D0%A0%D0%B0%D0%B1%D0%BE%D1%82... инфа по индексал