К сожалению на сайте каталог не заполняется вручную, а загружается из-вне, и изменить суть свойства будет очень сложно.
Неправда.
Дорабатывайте экспорт до нормального состояния и выгружайте правильные значения.
Невозможно?
Дорабатывайте импорт на стороне битрикса - пусть он импортирует правильные значения.
Сложно?
Делайте хуки на добавление/апдейт элемента, парсите в них значения цвета и устанавливайте элементам корректные цвета. Этот вариант возможен всегда.
Работать с кривыми данными - глупость. В конце концов выправить данные при загрузке/апдейте не сложнее чем при фильтрации, просто по определению задачи, а нужно сделать один раз, а не каждый раз на фильтре.