Дмитрий Вапельник

я тоже сталкивался с подобным вопросом. я делал так:
1. где-то в стороне от public-html (web-root) создал js-файл, в котором буду писать свой jsx-код
src/app.js
2. установил плагин FileWatchers link
3. установил глобально через npm react-tools - после этого будет доступна тулза jsx (у меня линукс) link
4. создал вотчер, который следит за моим созданным файлом и который генерирует обычный js-файл в webroot/js/app.jslink
5. подключил этот генерируемый файл в свою html-страничку
6. когда IDE увидит, что код похож на JSX она предложит Вам изменить language level на JSX Harmony. (Возможно, я допустил ошибки в коде, но это не столь важно)

Вы соглашаетесь и после этого у Вас корректное отображение синтаксиса

возможно, придется переоткрыть файл (мне пришлось выделить весь код, вырезать его и вставить обратно)
в итоге периодически пока Вы пишете JSX-код, вотчер следит за файлом генерирует обычный js-код в указанный файл
такой же вотчер можно запустить и гульпом

Такое впечатление, что Smarty не перекомпиливает шаблоны, которые Вы обновляете с PhpStorm. попробуйте поиграться с кешированием в Smarty - или просто его отключить пока Вы ведете разработку (dev) и внова включить когда закончите и выкатите на продакшин
www.smarty.net/docsv2/ru/caching.tpl
У себя такой проблемы не замечал, хотя уже давно веду разработку только в PhpStorm (сначала на винде, потом на линухе; и под виндой и под линухом загружал файлы по фтп, сейчас под линухом проект лежит локально и папка с проектом мапится в Docker-контейнер, в котором работает апач), но с такой проблемой не сталкивался

на сколько я знаю, то так делать нельзя. идеология деплоймента в PhpStorm такова, что на один проект один деплоймент-сервер или папка

но нам никто не мешает закостылить: в качестве деплоймент-сервера указываете некую папку, а разные сервера монтируете в ней. таким образом PhpStorm будет работать с одним ресурсом (папка), а фактически там у вас будут подмонтированы несколько ftp-ресурсов. если у вас там хитрое делево папок на ресурсах, то тоже можно закостылить, смонтируя это все дело где-то в сторони и потом симлинками указать на папки в проект

но это костыль. чистого решения проблемы в PhpStorm я не знаю ибо даже не задавался таким вопросом

Я думаю, что лучше синхронизировать руками ибо это более безопасно и с меньшей вероятностью может способствовать потере нужных файлов. Можно же настроить автозагрузку файлов на сервер при соренении файла (Ctrl+S). Д
ополнительно есть фишка, что файлы сохраняются когда окно PhpStorm теряет фокус - вы альт-табаетесь в окно браузера (в этот момент файлы могут автоматически залиться на сервер).
Еще дополнительно (я так сделал) повесить шорткат на синхронизацию файлов с серевером. Тогда переходите в фрейм проекта, клацаете на корень проекта и шорткати для синхронизации.
И еще дополнительно, дабы не мешали папочки, которые не нужно синхронизировать, их можно добавить в исключения (к примеру, папки для загрузки файлов)

я не знаю где Вы искали, но советую поискать в настройках code style
Settings -> Project Settings -> Code Style -> PHP

может, у вас автоматически не включается вкладка "Debug"? у меня работает адекватно
Ubuntu 14.04 Unity