на сколько я знаю, то так делать нельзя. идеология деплоймента в PhpStorm такова, что на один проект один деплоймент-сервер или папка
но нам никто не мешает закостылить: в качестве деплоймент-сервера указываете некую папку, а разные сервера монтируете в ней. таким образом PhpStorm будет работать с одним ресурсом (папка), а фактически там у вас будут подмонтированы несколько ftp-ресурсов. если у вас там хитрое делево папок на ресурсах, то тоже можно закостылить, смонтируя это все дело где-то в сторони и потом симлинками указать на папки в проект
но это костыль. чистого решения проблемы в PhpStorm я не знаю ибо даже не задавался таким вопросом
