Я думаю, что лучше синхронизировать руками ибо это более безопасно и с меньшей вероятностью может способствовать потере нужных файлов. Можно же настроить автозагрузку файлов на сервер при соренении файла (Ctrl+S). Д
ополнительно есть фишка, что файлы сохраняются когда окно PhpStorm теряет фокус - вы альт-табаетесь в окно браузера (в этот момент файлы могут автоматически залиться на сервер).
Еще дополнительно (я так сделал) повесить шорткат на синхронизацию файлов с серевером. Тогда переходите в фрейм проекта, клацаете на корень проекта и шорткати для синхронизации.
И еще дополнительно, дабы не мешали папочки, которые не нужно синхронизировать, их можно добавить в исключения (к примеру, папки для загрузки файлов)