Такое впечатление, что Smarty не перекомпиливает шаблоны, которые Вы обновляете с PhpStorm. попробуйте поиграться с кешированием в Smarty - или просто его отключить пока Вы ведете разработку (dev) и внова включить когда закончите и выкатите на продакшин
www.smarty.net/docsv2/ru/caching.tpl
У себя такой проблемы не замечал, хотя уже давно веду разработку только в PhpStorm (сначала на винде, потом на линухе; и под виндой и под линухом загружал файлы по фтп, сейчас под линухом проект лежит локально и папка с проектом мапится в Docker-контейнер, в котором работает апач), но с такой проблемой не сталкивался