Порт на свиче конечно переводите в транковый режим, можно с native vlan. Отдельно интерфейсы vlanXXX для каждого влана на proxmoх можно не создавать, достаточно включить в соответствующий влану бридж vmbrXXXX интерфейс ens1f0.XXX (где XXX - номер влана). IP-адреса для вланов, которые для самого proxmox являются транзитными, задавать не нужно. А на Unifi Controller наверное проще будет сделать для каждого влана отдельный виртуальный сетевой адаптер (если конечно он поддерживает такую конфигурацию).
Пример примерно такой настройки на скриншоте. Сетевой мост vmbr1 - это нетегированный трафик (native vlan на свиче), остальные мосты vmbrXXX, у которых есть slave port bond0.XXX - тегированные вланы с транкового порта. IP-адреса есть только на физических портах выделенных служебных сетей кластера proxmox: кластерной и для стыка с системой хранения данных, а также на виртуальном loopback-адаптере, маршрутизация к ip-адресу которого резервируется с помощью OSPF.