Вы ошибаетесь, это не клон, а ссылка. И удалить
получится.
Просто если вы дойдёте то строки или числа, то получите уже само значение, то есть копию. А объекты и массивы передаются по ссылке во время присваивания. Вывод: не доходите до строки/числа.
var way = ['things','equipment','car'];
//......
console.log('Было: ', test_array.things.equipment.car.id1); // "00"
array_clone2.id1 = 999;
console.log('Стало: ', test_array.things.equipment.car.id1); // 999
var way = ['things','equipment','car','id1'];
//......
console.log('Было: ', test_array.things.equipment.car.id1); // "00"
array_clone2 = 999;
console.log('Стало: ', test_array.things.equipment.car.id1); // "00"