Необходимо обозначить основные цели и планы развития CMS. Если для себя и больше в сторону удобства разработки программистами это может быть одно направление что то вроде CMF , если нужно ориентирование на клиентов то это будет другой план развития приоритеты инстилляция системы и модулей, обратная связь с пользователями, каталог модулей, настройка шкур. Коммерческая, опенсорс. Какие нагрузки будет выдерживать. Все это должно в конечном итоге влиять на архитектуру системы.
По своему опыту, если для себя:
1. Взять фраймеворк, допилить под нужды, сформировать первую версию CMS
2. Взять проект за деньги, реализовать на своей CMS. Проанализировать архитектуру, ошибки, упущения. Создать план на корректировку функционала CMS.
3. Взять проект, развернуть на своей CMS, внедрить корректировки.
и так далее, все время анализируя систему и улучшая ее.
Вот на что я обратил бы внимание: модульность, composer, работа с бд, роли и права доступа, многослойная архитектура