Мы работали с Интеркассой больше года точно. Каких-то косяков жестких у нас, к счастью, не было :) Но служба поддержки действительно не быстрая совсем и иногда приходилось напоминать о себе.
По комиссиям: вы же учтите, что 3% — это то, что берет себе только сама Интеркасса. Там также будут комиссии платежных систем, через которые будут платить ваши покупатели. То есть где-то будут доп. комиссии, где-то нет. Но чаще все-таки будут. По сути, Интеркасса — это такое решение, когда не хочется возиться с подключением напрямую к каждой платежной системе. Вот именно за это вы и платите 3% Интеркассе. Но вам также придется платить и комиссию платежных систем, через которые ваши покупатели совершают оплату. Так что тут Интеркасса не темнит. Комиссии действительно очень разные у всех платежных систем.
В качестве примера: у Интеркассы есть подключенный способ оплаты «Единый кошелек» (W1). Переходя на страницу оплаты W1 ваш покупатель также сможет выбрать любой другой способ оплаты, который есть у W1 (терминалы и так далее). И вот тут и будут доп. комиссии, кроме 3%, которые вы платите Интеркассе. Для каких-то способов оплаты комиссия будет и 7% и даже больше (на примере того же Единого кошелька и оплатой через терминалы).
Так что выгоднее, конечно, подключаться к наиболее крупным системам платежей все-таки напрямую.