Если тормозит Mysql - то нужно включить лог медленных запросов, найти где они создаются в движке и оптимизировать их.
Раздел "оптимизация" в руководстве по Mysql также сможет помочь.
Если все индексы правильно расставлены, то скорее всего в запросах используется функция, которая не позволяет Mysql кешировать запрос. Этим грешат разные модули, например Mega filter.
P.S. Надеюсь, что кеш запросов Mysql включен.
