Во первых - ООП, иначе нет смысла заморачиваться с крупным проектом, да и функциональный подход сегодня вообще в проектах больше чем "свой микроблог" никто не использует, это не рационально.
Так же откройте для себя MVC и возьмите какой-то фреймворк в котором все это уже нормально реализовано, в итоге время потраченное на прочтение документации и написание контроллеров и моделей к проекту будет в разы меньше чем вы потратите на свое кошмарное велосипедостроение. Кроме того, построенный по вашим наброскам Титаник и показать то кому-либо будет стыдно, а знания любого современного фреймворка напротив - будет большим плюсом.
Удалив модуль и БД мы повлияем на работу других модулей. Изменив структуру БД мы повлияем на работу других модулей.
SOLID, DRY, KISS...PSR4 и много других страшных аббривиатур вам помогут )