Для систем основанных на debian (*.deb пакеты) есть отличный инструмент, называется dabootstrap, это консольная утилита, позволяет создать в указанном каталоге минимальную рабочую систему выбранного дистрибутива и архитектуры. Собственно она и используется графическими инсталляторами.
Т.е. чтобы устновить систему нужно:
* подготовить место куда система будет ставиться (рейд, шифрование, разбить диск на разделы, выбрать и отформатировать файловую систему, смонтировать, может по сети или iscsi и еще 100500 вариантов)
* подготовить минимальную систему с помощью debotstrap, докинув необходимые пакеты по желанию, это можно сделать позже
***** войти в установленную систему сделав chroot (перед этим смонтировать туда /dev /sys /proc типом bind)
* докинуть в установку ядро со стартовым образом initramfs (установив например пакет linux-image-generic но есть оптимизированные варианты например для запуска внутри kvm или подписанные цифровой подписью для залоченных биосов и т.п.)
* настроить загрузчик (например grub или если по сети pxe или как еще хотите)
* настроить пользователя, пароли, сеть, и т.п
* перезагрузиться
p.s. отличный способ понять, что да как происходит, это попробовать установить gentoo, там очень подробные инструкции включая настройку и сборку ядра linux из исходников, т.е. если вы сумеете пройти этот квест, понимая что происходит на каждом шагу - вы постигните дзен линкус (например осознаете мощь тюнинга системы под задачу, когда слабые машины, с 10-15-летним сроком жизни могут засиять в новом свете с последними версиями софта, например только с gentoo я сумел оживить eeepc900 с 1гб ram и слабым диском, даже без тюнинга ядра, графичеcкая система требовала всего 50мб оперативки, awesome de, остального хватало для браузера и плеера, последний запускался плагином при попытке смотреть ютуб)