Можно вести всё это в гит-репозитории в plain-text файлах, используя простой язык разметки вроде Markdown или RST. В них есть всё, что нужно: выделение, картинки, ссылки, даже блоки кода с подсветкой синтаксиса.
В гит-репозитории вы свободны структурировать информацию как угодно: разносить по папкам, разбивать по файлам. Это самый удобный способ вести исходники любой документации.
Затем сверху можно прикрутить какой-нибудь статический сайт, который будет собираться из ваших исходников, или подключить пандок, чтобы собирались пдфки. Хотите заморочиться — разверните сервер где-нибудь в локальной сети и настройте с помощью CI гитлаба, гитхаба или битбакета пересборку сайта при каждом пуше в master-ветку репозитория.
Хорошие статические генераторы сайтов из Markdown:
Ещё есть
Foliant, который из единых Markdown-исходников может собирать PDF, docx, тот же MkDocs-сайт и т д.
Ну и так далее, тут плюс в том, что вариантов очень много и если надоест один сайт, можно взять те же ваши накопленные годами md- или rst-исходники и собрать из них что-то другое. А теперь представьте, что вас перестал устраивать EverNote, что тут делать? : )