Константин Толмачев

На 1 и 2 вопрос верно

На 3 ответ никак. Если используют одноразовые TOTP пароли подразумевается, что у пользователя стоит мобильное приложение которое ему выдает ключи и показывает время сколько еще этот пароль будет действителен.

Для СМС аутентификации TOTP не лучший вариант

Если нужно понимание алгоритма https://habr.com/ru/post/154229/

В общем то логично, что у вас все белые, посмотрите на свой код повнимательнее, вы где вы показываете с какой ссылкой работаете? В вашем варианте, если вы перейдете на последнюю ссылку, то у вас все станут active, что согласитесь неверно, код должен быть например таким:

<?php  ($links[0] === $_SERVER['PHP_SELF']) ? 'active' : ''    ?>

Как то все у вас сумбурно написано. Понимаю, что хочется поделиться своей радостью от освоения нового. но читать подобное несколько сложно + много таблиц, это когда хотя бы 1000-1500 , а не 10 :)

Насчет DBO и Mysqli, не пытайтесь мешать все в кучу и прыгать на разные системы. Насколько я помню, DBO это MSSQL сервер, а он в очень многих местах отличается в плане работы от Mysql, плюс он зависим от платформы(по крайней мере был раньше), и то и другое как библиотеки php уже устаревшее.
Сейчас используется универсальная библиотека PDO, который может подключаться к разным движкам баз данных, без существенного изменения кода и запросов.

P.S > Если вы осваиваете какую то тему, то прежде всего поймите что вам нужно в конце, не хватайтесь за все подряд. Нет никакой необходимости хвататься за каждую технологию потому что это "модно". Научитесь работать адекватно с чем то одним. Обязательно изучите полностью основы, сейчас у вас в голове каша по моим ощущениям. Поймите что такое процедурное программирование, что такое ООП. И самое главное в каких случаях это можно применять, а в каких не стоит.

Почитайте сайт getjump.github.io/ru-php-the-right-way
Посмотрите курсы по php от того же центра "специалист". Благо на ютубе они есть в свободном доступе, если поискать.

UPD: Насчет Mysqli поспешил, она сейчас реально не DEPRACTED, и ее можно использовать, хотя в проектах я ее почти не вижу.

Вы, наверное, заметили, что php-строка обозначается то одинарными, то двойными кавычками. Дело в том, что всё, что находится в одинарных кавычках, интерпретируется просто как последовательность символов, как текст.

Если же php-строка обозначается двойными кавычками, то вместо переменных будут выводиться значения этих переменных. Поэтому если в строке есть переменные, то в качестве внешних кавычек лучше применять двойные кавычки.

Что нужно поправить в вашем коде думаю вы уже догадались

1. Ставь виртуальную машину с linux (ubuntu server например для начала)на борту. 98% всех систем с которыми ты будешь работать именно на базе linux, и научиться настраивать это нормально в linux окружении намного важнее, чем под виндой.
2. Можно сделать и через Apache и через nginx один экземпляр php. Также можно использовать связку Nginx + Apache + PHP, так как nginx может быть просто проксирующим сервером. Но как по мне, лучше налечь на изучение именно nginx, но всех сколько либо крупных проектах Apache не используют без крайней на то необходимости.

Бонусный вопрос: Использовать можно. Настраивается через nginx

Насколько я знаю, запустить на 7.2 вполне реально, по крайней мере я на 7.2 поднимал, но в любом случае вам потребуется править исходники в нескольких местах. Особенно касающихся сессии. Ранее в сети обсуждали вопрос о том как поднимать на 7.1 -7.2, ставьте скрипт из исходников гитхаба, затем по мере возникновения ошибок читайте исью остикета, там ребята многие вопросы поднимали. Но все равно готовьтесь если ставите из дев ветки к разным "сюрпризам", РС или мастер ветка не подойдет, увы

date_format()

Ну или костыль:
$str_day = ($day <10) ? "0".$day : $day;

Ваш вопрос имеет несколько вариантов решения
Самый очевидные:
1. Сделать переадресацию на адрес нужной вам страницы при нажатии на кнопку. Это можно сделать на стороне javascript, если же нужно решение именно php parse_url() вам в помощь.
2. Сохранять значение нужной страницы в переменную сессии.
3. Сменить с помощью javascript через history api адрес страницы, по факту с нее не уходя

Пишите регулярные выражения и через preg_match проверяйте
+376-###-###

/^(\+376)-(\d{3})-(\d{3})$/g

+971-5#-###-####

/^(\+971)-(5\d{1})-(\d{3})-(\d{4}))$/g

Сборку всех выражений рекомендую делать через https://regex101.com/ Там и валидация, и подсказки и много чего еще полезного.

Если потребуются выражения для других номеров попробуйте сделать сами, не справитесь, пишите сюда в коменты, напишу

Вариантов реализации 2:
1. Завести таблицу пользователей на сервере с полем (last_activity) и обновлять ее при каждом перезапуске страницы, или действии.
2. Использовать веб - сокеты, и на их основании менять статус.

Опять же все зависит от вашего проекта, ну а уж как выводить данные онлайн - не онлайн, это чист творческое дело

Если я правильно понял вашу задачу, то пользователь должен ввести какое то слово, в ответ должна пройти проверка, затем если все верно, должно что-то вывестись в div

То что вы хотите сделать не делается исключительно на php, это делается через связку php+java script(ajax). Либо можно на чистом php но страница будет каждый раз перезагружаться, что не комильфо.

1. Для запуска каждую ночь можно использовать cron,
2. Для запуска при обновлении с репозитория существуют вебхуки.
Запускать по расписанию смысла я не вижу никакого. Только при обновлении с репы как часть процесса деплоя

Средства для этого есть готовые или нужно писать что-то для терминала самому?

Все звисит от того что и как вы обновляете