Если самоцель такого выноса - прекратить влияние дампов на доступность чтения с БД, то, при условии, что ваши таблицы в InnoDB и у вас включён binlog, вы можете снимать копии БД с помощью xtrabackup (innobackupex), не останавливая службу и не прерывая доступ к таблицам.
Изменения, произошедшие с момента старта бекапа, "доедут" из бинлога на завершении процесса.
Снимать копии можно как на тот же сервер, так и стримить их (без использования локального диска) на другой.
Если таблицы в MyISAM, можно настроить SLAVE-сервер и снимать дампы с него, не влияя на доступность основного.
Это практика.
Правда из контекста не совсем ясно - это некие регулярные дампы данных для резервирования, или это ручные дампы для разработчиков, которые они могут спонтанно снять в любое время через phpmyadmin?
Если второе, то это не исправить изменением архитектуры. Для чего dev'ы дампят базу с логами? Почему они не могут задампить только нужные мелковесящие таблицы, или даже ограничиться их структурой, чтобы не задевать другие таблицы?
Если для разработки необходим весь снэпшот базы, я бы сделал его снятие регулярным с xtrabackup и публиковал разработчикам для скачивания по сети из одного конкретного места, чтобы никто больше не подключался к продакшену и не делал никаких дампов с продакшена.