Вы по-моему только напрасно расшатываете нервы другим ИП.
Оферту Upwork вполне можно защитить если считать её договором комиссии в отношении оказания профессиональных услуг (чем она и является по сути).
Срок давности по "минуя счета в уполномоченных банках" два года, а не три. В настоящий момент считается с середины апреля 2016 (когда вступило в силу увеличение с года до двух). Риск того что Upwork будет признан банком а не посредником крайне мал.
Кроме того ИП может требовать замены этих штрафов предупреждением: free-ved.com/administrativnaya-otvetstvennost-dlya... .
Приём с карт нерезидентов физ. лиц возможен через Paypal Business (печалька что нельзя принимать от юр. лиц, видимо из-за сложностей с КИК).

По поводу того где хранить, то как уже сказали не надо хранить миллионами в деньгах. С точки зрения государства запас денег нужен тем кто платит зарплату. Накопление ликвидности кем-то кто не является работодателем везде подозрителен. Вот вам пример: https://medium.com/@photonstorm/hsbc-is-killing-my... , https://news.ycombinator.com/item?id=15168394 .