Довольный Айтишникъ

Вариант 2 точно не стоит использовать, так как:
1. Вы ответили success, а значит данные успешно получены, а потом вдруг при обработке файла поняли, что он поломан...
2. Если всё собирать в один файл, то его размер может вырасти до неприличия и парсер при его обработке умрет, а вы уже ответили success и попробуй пойми какая част данных в базе, а какая не успела обработаться...

Верстаете в Windows, докер в виртуалке с Linux (или наоборот), всё работает.

Zabbix, описана процедура установки пошагово, мониторится куча всего из коробки.
https://www.zabbix.com/ru/download

$src проверял на is_writeable - выдавал ошибку для первого файла, для второго же - нет

Есть подозрение, что для первого выдавалась ошибка, так как такого файла на сервере еще нет. Потом файл создается и для второго ошибка не выдается, так как файл есть, но в итоге он переписывается вторым файлом.

На скриншоте у вас данные для подключения к ssh и ftp, а это к базе данных не имеет никакого отношения. Вполне возможно, что для подключения к базе данных у вас нужно указывать localhost и другие логин/пароль.

Интернет предлагает коннектиться так:

imap_open("{mail.domain.com:143/novalidate-cert}INBOX", 'login', 'password')

Дописать к началу base64 кода символы gCX+, так как изменить содержимое файла так, чтобы получился нужный заголовок при base64 кодировании нереально.

Придется сначала обновить версию Битрикс, на актуальную, а уж потом сможете обновить лицензию. Причем подозреваю, что сразу на актуальную версию обновиться не получится, придется через одну или несколько промежуточных это делать.

Два года прошло после последней правки в этом проекте. Апи СДЭКа уже могла несколько раз измениться и не удивительно, что оно не работает. Ну и в issues есть сообщение об ошибках с недавнего времени
https://github.com/cdek-it/sdk2.0/issues/18

Шифруйте любым доступным вам методом, так как после шифрования он в любом случае как картинка не откроется

Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)

Обычно это говорит о том, что пароль для пользователя root не верный. Судя по вашему конфигу - пароль вообще не указан. Проверяйте учетные данные.

Ну вот вы сами себе противоречите

плохо не использовать фреймворки в современном php?

наш микро фреймворк документирован

Вы просто не взяли для использования что-то уже готовое и известное всем, а написали своё... В итоге новому человеку в команде придется сначала разобраться в Вашем фреймворке и только потом что-то делать. Но не факт что ваше поделие безопаснее и удобнее уже существующего фреймворка, который давно разрабатывается и уже многие "грабли" в нем вытоптаны, а у вашего путь только начался....
Поэтому

возьми ларавель и не парься

вполне мудрое замечание.

Ну а на Ваш вопрос - Зачем в современном php фреймворки можно ответить очень просто - А зачем Вы в процессе разработки создали свой микрофреймворк?