Примерно так
Первая:
INSERT INTO new_table1 (id, in_num, in_date, correspondent, out_num, uot_date, content, type, id_pach)
SELECT id_letter, in_num, in_date, correspondent, out_num, uot_date, content, type, id_pach FROM old_table
GROUP BY in_num, in_date
Вторая:
INSERT INTO new_table2 (id_letter, contractor, isp_date, label_num, label_date, label_mess, date_1)
SELECT id as id_letter, contractor, isp_date, label_num, label_date, label_mess, date_1 FROM old_table
GROUP BY ...
И коли уж вы решили заняться рефакторингом, задумайтесь о том, чтобы дать полям вменяемые имена. Скорее всего вы и сами через пару лет с трудом вспомните чем date_1 отличается от uot_date. Не говоря уж о том случае, когда поддержка этого кода достанется другому разработчику.