Самая лучшая система для контроля продуктивности сотрудников - это вменяемый и профессиональный менеджмент проектов и компании в целом. Всё остальное - это автоматизация для объективности учета, оперативности и удобства. Поэтому, если нет первого, то второе проблему принципиально не решает и может быть реализовано даже на элементарных офисных приложениях.