В Yii подход одна таблица - одна AR модель.
А вообще M это не AR, это вообще вся бизнес логика вашего веб-приложения.
У вас может быть два класса, к примеру, один реализует логику в виде методов addItem, removeItem, getItems, и при этом этот класс зависит от соответствующей AR модели.
Держать всю логику в контроллерах глупо, к примеру вам потребуется к вашему приложению CLI код, который будет работать со своими контроллерами.
Контроллер должен передать данные в модель, получить от нее ответ и отобразить во View.