Скорее всего у вас в репозиторий не добавлены bin файлы.
Единоразово попробуйте решить проблему так - в папке current на продакшон сервере:
bundle exec rake rails:update:bin
А дальше уже запускаете консоль
bundle exec rails c RAILS_ENV=production
Или локально запустите
bundle exec rake rails:update:bin
добавьте файлы и папку bin в резозиторий (проверьте ваш .gitingore).
Задеплойте и тогда уже пробуйте запускать консоль.
Так-же можете добавить гем
https://github.com/ydkn/capistrano-rails-console для быстрого доступа к консоли.