Артём Цымбалюк

За сжатие CSS в вашем таск-раннере отвечает плагин: "gulp-clean-css"
На строке 26 в gulpfile.js:

gulp.task('styles', function () {
    ....
    .pipe(rename({suffix: '.min', prefix : ''}))
    ....
    .pipe(cleanCSS())
    ....
});

Закомментируйте строку и не будет сжатия

Вот похожее:
https://jsfiddle.net/qs7wthp0/

<div class="div">div</div>
<a href="#" class="close"> Закрыть </a>

var closeBtn = document.getElementsByClassName('close')[0];

closeBtn.addEventListener('click', function() {
    document.getElementsByClassName('div')[0].style.display = 'none';
});

$(selector).click( function() {
  var magnificPopup = $.magnificPopup.instance; // save instance in magnificPopup variable
  magnificPopup.close(); // Close popup that is currently opened
});

codepen.io/sadisme/pen/qNgVxm

Очистить float'ы надо

.item-price {
    clear: both
}

object-fit: cover;

Генератор треугольников apps.eky.hk/css-triangle-generator

codepen.io/aliencash/pen/rLPOqZ

У вас сам шрифт грузится только в формате eot, а это, как говорится, ослик-only. Ссылки на остальные форматы у вас битые (404), что нетрудно заметить из консоли. Так что вам нужно или добавить к себе на сайт остальные форматы, или подключать FontAwesome например с cdnjs.

Добавить к первому тэгу option атрибут selected

<option disabled selected>Выберите клинику</option>

https://jsfiddle.net/r52L4nnu/

https://jsfiddle.net/joomla/y40p9s8w/
в твоем случае убрать disabled

https://codepen.io/ianfarb/pen/ikeAf

на размер CSS файла повлияют очень сильно. Будет ли сайт очень долго грузить CSS ?

не повлияют. не стоит заморачиваться.
Есть такой термин - преждевременная оптимизация. Такая оптимизация даже хуже ее полного отсутствия.

ЗЫ
Сверстай все страницы. Потом проверяйте скорость загрузки. При необходимости разобьете один файл на несколько (тем более с препроцессором это не составит труда).
Хотя я не думаю, что у вас в итоге выйдет огромный файл стилей, который нужно будет распиливать..

Видел коммент про CMS. Сайты, которые делаются так, что на всех страницах разный дизайн - их не должны на cms натягивать, либо вам дали просто снопом все возможные вариации просто и их надо заверстать в любом случае.

К примеру мне мало верится что основные стили, такие как оформление заголовков, основного текста, кнопок, текстовых полей, чекбоксов и тп разнятся. Если они не разнятся - у вас дизайн сайта, если разнятся от страницы к странице и это "типа один сайт" - идите откручивать голову дизайнеру, который это рисовал, либо объясняйте заказчику, что это бред полный и так не должно быть.

А так для больших проектов весь код пишется в одном файле стилей и не разносится, но конечно писать нужно максимально универсально чтоб можно было быстро и безболезненно переназначить стили ну и чтобы это работало быстро естественно.

На всех страницах практически нету одинаковых элементов

Тогда может и стили (файлы стилей) для страниц разные сделать и подгружать по ситуации?

В данном случае контейнер не может вместить много текста, поэтому при помощи overflow вы его обрезаете по краю контейнера, а не по краю контент области (отмечена синим).
Для того чтобы сделать необходимый эффект пустого пространства внизу, можно сделать обертку.
Вот пример готового решения https://jsfiddle.net/evg_/p36uaeh8/1/