<plugins>
<!--Настройка компиляции проекта-->
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
<version>3.1</version>
<configuration>
<source>1.8</source>
<target>1.8</target>
</configuration>
</plugin>
<!--Копирование зависимотей в папку lib/-->
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>
<version>2.8</version>
<configuration>
<!--Все зависимости которые нужны для работы твоего приложения будут лежать здесь-->
<outputDirectory>${project.build.directory}/lib/</outputDirectory>
<overWriteReleases>true</overWriteReleases>
<overWriteSnapshots>true</overWriteSnapshots>
<overWriteIfNewer>true</overWriteIfNewer>
</configuration>
<executions>
<execution>
<id>copy-dependencies</id>
<phase>package</phase>
<goals>
<goal>copy-dependencies</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
<version>2.4</version>
<configuration>
<archive>
<!--Если надо конфигурировать манифест, то здесь-->
<manifest>
<addClasspath>true</addClasspath>
<!--путь к зависимостям относительно запускаемого jar файла-->
<!--ВСЕ ЗАВИСИМОСТИ ДОЛЖНЫ БУДУТ ПОСТАВЛЯТЬСЯ С ТВОИМ jar приложением. -->
<classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>
<classpathLayoutType>simple</classpathLayoutType>
<mainClass>main.Main</mainClass>
</manifest>
<!--<manifestEntries>-->
<!--<Rsrc-Class-Path>${}</Rsrc-Class-Path>-->
<!--</manifestEntries>-->
</archive>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
Мавен соберет jar файл, отредактирует манифест. Результатирующий jar будет лежать в папке target - надеюсь знаешь что это. Тамже будет лежать папка lib/ со всеми завимостями (другими jar файлами). Если взять результирующий jar и эту папку, и положить вместе в другую папку - то получится полноценный дистрибутив. Но это уже другой плагин. Со временем разберешься.
В твоем варианте вообще все изначально не верно. В манифесте должны быть прописаны все используемые jar файлы. Старайся не лезть в манифейст вообще. А у тебя указан только /home/saveli/.m2/repository - там куча папок,с кучей версий jar, поэтому ничего и не находит.
Третий плагин можно вообще убрать, но тогда все jаr файлы из папки target/lib/ должны лежать рядом с результирующим jar.