MVC подразумевает лишь разделение ответственности между разными частями ПО.
Так, одна из них должна отвечать за данные и бизнес логику - модель.
Другая должна отвечать за UI - вид.
А третья должна включать в себя методы взаимодействия с пользователем, отвечать на различные события (например на HTTP запросы пользователей, если что HTTP запросы обрабатывает не PHP, этот вопрос гораздо глубже, чем может показаться)
Никакую строгую структуру директорий MVC не диктует, но это не значит, что Вы не должны обращать на нее внимание, я могу посоветовать взглянуть на ряд популярных фреймворков и разобраться как это сделано у них.
P.S: Symfony and Laravel. They are best suited for this.