Когда программа "выводит что-то в терминал", технически это означает, что она пишет в соответствующие файлы tty. FFmpeg выводит своё состояние в stderr. Номера дескрипторов stdout и stderr - 1 и 2 соответственно.
Можно перенаправить его вывод stderr в файл:

ffmpeg -i myfile.avi result.avi 2>/tmp/ffmpeg-log.log

в приведённом примере файл будет перезаписываться при каждом новом вызове.

Вывести в текущий терминал состояние = прочитать последнюю строку лога
cat /tmp/ffmpeg-log.log | tail -n 1

Если беспокоит нагрузка на жёсткий диск: /tmp обычно монтируется в оперативной памяти.

1. Что касается портфолио. Если нет формального опыта работы на си, то на должность выше среднего рассчитывать в принципе не придётся. Опять же, если этого опыта нет, то шансов написать годное портфолио тоже мало. Лучше вообще код не показывать, пока не попросят.
2. Если хочется посмотреть, как выглядит хороший современный код на си - рекомендую почитать исходники популярного открытого проекта. В зависимости от удобной специфики. Например: ffmpeg , openssl, openvpn, qemu. Там же можно посмотреть, как организована система сборки/автоматического тестирования.
Исходники лучше всего читать в процессе отладки (gdb). Тут порог вхождения несколько высокий, т.к. придётся искать IDE. Я пользуюсь emacs.
3. Из собственного опыта, даже крутые крупные компании готовы брать сишника, лишь бы он был готов стараться. Не стесняйтесь предлагать свои услуги.
4. Чем хорош п.2 , так это тем, что знание популярных открытых фреймворков - это + к резюме.
5. Удобнее будет под линуксом.