При разработке кода обговариваешь с заказчиком лицензию, под которой будет выпущен код. Лицензий много разных, открытых, закрытых, смешанных и прочих. На любой вкус. Можно даже свою лицензию придумать.
Это скорее всего потоки NTFS, их можно найти программой NTFS Stream Explorer и поудалять. Окно вылезает потому, что на флешке не NTFS, а FAT, и потоки туда не могут быть сохранены.
