alzneo

Windows не имеет какого-то общего места, где можно посмотреть все шаги завершения работы системы, к сожалению.
Описанная проблема похожа на распространённый баг в ACPI, из-за которого Windows не может подготовиться к следующему "Быстрому запуску" перед выключением. Попробуй выключить ПК с помощью "shutdown /s /t 0" - эта команда не подготавливает систему к быстрому запуску и выключает сразу. Если сработает, то проблема в этом. Выключить можно тут:
Панель управления -> Электропитание -> Действия кнопок питания -> Изменение параметров, которые сейчас недоступны -> первая галочка

Откатывайтесь на 3.8, должно помочь.
На моих кинетиках после перехода на 4.х (возможно, на 3.9) прошивку при активном использовании сети сначала ступенчато понижается скорость (1000-100-10), а затем линк отваливается совсем, и помогает только перезагрузка либо кинетика, либо ПК. Все остальные устройства, воткнутые в кинетик, работают, перетыкание ПК в заведомо рабочий порт кинетика тоже не даёт результата.

Скорее всего, виндовый загрузчик не может найти свою конфигурацию. Так как ты уже запускал систему после клонирования, то твоему текущему диску присвоился новый ID, а загрузчик ищет конфигурацию на старом.
Загрузись с установочного диска/флешки, нажми Shift+F10 и выполни bootrec /rebuildbcd. Обычно этого достаточно.
Если не помогло, то создай новый BCD вручную с помощью BootICE (понадобится какой-нибудь Live на базе WinPE). В том же BootICE можно проверить, есть ли UEFI-запись для Windows Boot Manager и добавить/исправить её при необходимости.

(Вам наверно уже не актуально, но может кому-нибудь поможет)

Меня в подобной ситуации выручила DMDE. Не бесплатная, но стоит копейки.
Да, программа рассчитана на продвинутого пользователя и нужно понимать, что ты делаешь, но там есть автоматические режимы поиска и восстановления, которые работают почти так же хорошо как в GetDataBack.
Восстанавливал MFT из MFT Mirror, всё прошло как по маслу.