Рад что вас посетила такая идея всего через 4 года года использования Битрикса) А то некоторые по 10+ лет его насилуют, при том что стандартного функционала им не то что не хватает, а он конкретно мешает реализовывать нужную бизнес-логику.
Я 5 лет работал с Битриксом, теперь соскочил на Laravel и не нарадуюсь никак)
Но надо сперва определиться чего именно Вы хотите от магазина, и чего не хотите.
Насчёт скорости в Гугле, это прежде всего вопрос вёрстки. Если там не совсем всё запущено, то практически любой магазин на Битриксе можно вывести в зелёную зону, с минимальными затратами. Прежде всего включить сжатие, объединение, перенос стилей/скриптов. Сжатие картинок (гугл очень много баллов снимает за картинки которые фактически больше того размера в котором они выводятся в браузер). И убедиться, что работает кеширование.
Писать магазин с нуля... Да Вы безусловно получите именно то чего хотите, то что работает так как Вам надо. Но я не представляю самописный магазин с бюджетом меньше $10K. Либо это просто каталог собирающий заявки в CRM, либо это будет такое поделие, что живите лучше дальше с Битриксом.