Я бы посмотрел на это так: Node.js сервер занимается исключительно React приложением, Rails сервер — API. Возложив ответственность за API на Node.js сервер добавляет сложности в архитектуру и большую нагрузку на сервер рендеринга приложения, имхо, конечно.
То есть, первый вариант предпочтительнее. Тем более, когда Rails сервер — единственный источник API, то проще контролировать возможные будущие клиенты (больше приложений скажем).
