Dark Hole

Для этого не нужен C#. Нужен реестр.
HCU(HKLM)\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Добавьте что-нибудь вроде "YOURPROGRAM" -> "PATH_TO_YOUR_PROGRAM.exe"

Для линукса - легко! На DevianArt'е есть темы для XFCE, насчет GNOME/KDE/Unity не знаю, есть ли они на нем, но найти сайт с темами для нужной граф. оболочки - легче легкого. Мне показалась, вам вот это подойдет. В крайнем случае, найти папку с темой, похожей для вас и допилить ее. This is Linux.

Насчет windows'а - тут сложнее. Кастомизация всегда была ограничена. Если вы уже так не можете найти подходящую тему - нужно просто обзавестись исследователем внутренних ресурсов приложения(к примеру PE Explorer), найти файлы темы, дублировать ее и поменять значки-цвета.

Пойдет любая, абсолютно любая ОС, где есть текстовой редактор и браузер.
Лучше текстовый редактор с подсветкой синтаксиса HTML, CSS и JS. Мне лично нравиться Atom, но как хотите.
Единственная причина, по которой можно поставить линукс - это крутые инструменты для пентестинга и тестинга вообще. Но на самом коде это никак не отразится.

P.S. А у знакомого нужно прямо спросить, какие подводные камни?) Я кодил и с Windows 10, и с Debian. Разница только в скорости работы ОС и браузере по умолчанию.

Опачки и еще, ну и для профи

Полный ответ:

• CACLS - cacls.exe
  Использование - cacls имя_файла
  Получение справки - cacls /?
  
• ICACLS - icacls.exe
  Использование - icacls имя_файла
  Получение справки - cacls /?
  

В чем разница? ICACLS мощнее и удобнее. Может даже сохранять\ресторить права