В роли https-proxy микротик работать не способен, а у подмены dns есть множество обходных вариантов.
Так что в зависимости от скилла пользователей или закрывать обходные пути для подмены dns, что зачастую сложно, и не всегда вообще реально, или делать https-proxy НЕ на микротике.
ЗЫ при наличии домена, белого списка приложений, и исключения загрузки расширений для браузеров - подмена dns вполне себе рабочий вариант.