очень отпугивает своими таблицами и запросами.
Работать с файлами будет сложнее. Намного.
Mysql. Таблицы - очень просто и интуитивно понятно. Запросы - человеческий синтаксис, очень удобно оперировать данными. Высокая надежность, огромное количество информации, сообщество.
Файлы - вообще не вариант. Вот несколько популярных вариантов которые можно рассматривать в качестве хранилища данных: mysql, sqlite, postgres, redis, mongodb.
Рекомендую выбрать из первых двух. Вероятно sqlite будет проще для вас.