Yagher

Для замыкания, например.

И здесь вроде бы как получается, что объявление происходит уже во время выполнения кода.

Объявление переменных происходит во время первого прохода компилятора.

for (var i = 0; i <= 2; i++) {
	 let j = i;
   arr[j] = function() {
      console.log(j);
   };
}

Стажировка же предполагает некое обучение, долгую адаптацию и наставника. Это нормально?

Нет, это не нормально, но часто встречается.
Отсутствие наставника в какой-то степени могут заменить ваши сокомандники, которых двое, если я правильно понял. Это не самый плохой вариант.

Мне радоваться или задать несколько "неловких" вопросов тимлиду?

Вопросы задавать нужно.