YaMariya

Проблема 404 была при указание rewrite в cpt:

'rewrite' => array('slug' => '/', 'with_front' => false),

Проблема 404 была решена так:

'rewrite' => array('slug' => 'services', 'with_front' => false),

Вы слишком абстрактно поставили задачу, поэтому я для удобства добавлю конкретики. Пример буду строить для решения Аспро Max, но это непринципиально.
Итак, допустим, у нас сайт на Аспро Max, и надо поменять шаблон списка новостей на главной. Он лежит здесь:
/bitrix/templates/aspro_max/components/bitrix/news.list/front_news .
Варианты:
1) просто взять и изменить этот шаблон. Недостаток решения: при обновлении модуля Аспро есть шанс, что доработки будут затёрты
2) создать свою копию шаблона: /bitrix/templates/aspro_max/components/bitrix/news.list/front_news -> /bitrix/templates/aspro_max/components/bitrix/news.list/front_news_custom , в вызове компонента изменить шаблон на новый. Недостаток решения: при обновлении модуля Аспро есть шанс, что правка в вызове компонента будет затёрта.
3) скопировать весь шаблон сайта: /bitrix/templates/aspro_max -> /local/templates/aspro_max , а затем уже править шаблон. Если идти этим путём, настоятельно рекомендую поменять название шаблона ( lang/ru/.description.php , кажется ) - в админке будет легче жить. Недостаток решения: при обновлении модуля Аспро могут поменяться его внутренние структуры ( классы ), и публичная часть сломается полностью. Нужно будет оперативно переключиться на "родную" версию шаблона, а потом как-то адаптировать свой вариант ( или повторно скопировать уже обновлённый шаблон и заново внедрить доработки ).

Если вам нужно получить категории, то wp query вам и не нужен, у get_terms есть своё 'meta_query'
Должно быть что-то типо

$terms = get_terms( [
    'taxonomy'   => 'product_cat',
    'meta_query' => array(
        array(
                'key' => 'fields_name',
                'value' => '1',
                'compare' => '='
            ),
    ),
] );

Функция get_template_part довольно умная.
При первом случае она будет искать только шаблон nav-header.php
Во втором случае она сначала будет сначала искать nav-header.php, a если не найдет такой то nav.php.
Часто можно увидеть такое:

<?php get_template_part( 'template-parts/content', get_post_type() ); ?>

в этом случае функция get_post_type() вернет тип поста: Это может быть пост, видео, галерея итд, соответственно функция get_template_part сначала будет искать шаблон под конкретный пост тайп, а потом если не найдет подключит content.php