Вы слишком абстрактно поставили задачу, поэтому я для удобства добавлю конкретики. Пример буду строить для решения Аспро Max, но это непринципиально.
Итак, допустим, у нас сайт на Аспро Max, и надо поменять шаблон списка новостей на главной. Он лежит здесь:
/bitrix/templates/aspro_max/components/bitrix/news.list/front_news .
Варианты:
1) просто взять и изменить этот шаблон. Недостаток решения: при обновлении модуля Аспро есть шанс, что доработки будут затёрты
2) создать свою копию шаблона: /bitrix/templates/aspro_max/components/bitrix/news.list/front_news -> /bitrix/templates/aspro_max/components/bitrix/news.list/front_news_custom , в вызове компонента изменить шаблон на новый. Недостаток решения: при обновлении модуля Аспро есть шанс, что правка в вызове компонента будет затёрта.
3) скопировать весь шаблон сайта: /bitrix/templates/aspro_max -> /local/templates/aspro_max , а затем уже править шаблон. Если идти этим путём, настоятельно рекомендую поменять название шаблона ( lang/ru/.description.php , кажется ) - в админке будет легче жить. Недостаток решения: при обновлении модуля Аспро могут поменяться его внутренние структуры ( классы ), и публичная часть сломается полностью. Нужно будет оперативно переключиться на "родную" версию шаблона, а потом как-то адаптировать свой вариант ( или повторно скопировать уже обновлённый шаблон и заново внедрить доработки ).