Xandrio

Первый вариант, однозначно - правильный. Только я бы сделал не IIFE, а через промежуточную функцию:

var getAdder = function () { var res = 0; return function(x) { res += x; return res; } };
var sum = getAdder();
sum(1); // 1
sum(3); // 4
var sum2 = getAdder(); // два независимых сумматора
sum2(1); //1
sum2(3); // 4

А насчет второго варианта: зачем использовать такой синтаксис ? Крайне неудобно на мой взгляд.
А главное, вы замыкаете функцию на внешнюю переменную - это не очень хорошо. Поясню:

var adder2 = new Function('x', 'var result = adder.last? adder.last + x : x; adder.last = result;  return result');
adder2(2); //ReferenceError: adder is not defined

Поэтому, от второго решения я бы отказался.

Вы не правильно подходите к решению проблемы. Обычно делают так:
1. Имеют глобальный файл настроек, в котором прописаны основные настройки. Этот файл попадает в репозиторий.
2. Имеют локальный файл настроек, который содержит пароли/логины и некоторые специфичные локальные настройки. Этот файл совмещается с глобальным. Он не попадает в репозиторий.

В PHP-framework'ах к примеру, это два файла с массивами настроек. При запуске приложения массивы соединяются и приложению кормится смешанный массив настроек.