Элдар Иманкул, в первом ответе все варианты. ставьте железки умеющие туннелирование и vlan через туннели, если действительно есть необходимость иметь L2 связность с удалённым офисом. как показывает практика - лучше организовать L3 через этот L2
art style, Если речь про обычное железо - соединяют по ethernet 1/10/40/100G или InfiniBand 40/56G.
Кластеры в которых железки соединяются напрямую по своей шине имеют иную архитектуру и соединить таким-же образом десктопное железо не выйдет.
Опять же кластеры разные бывают, вам какой конкретно надо то?
Григорий Дидус, порты на материнке менять пробовали?
Смотрите нагрузку на диск через iotop/iostat, возможно что-то системное параллельно грузит диск.
Ну и контроллер диска возможно не может работать нормально с sata 2.
Григорий Дидус, я бы по возможности проверил работу на материнке с sata3.
возможно просто чипсет материнки не справляется, а второй диск у вас не используется системой и нагружен меньше, отсюда выше производительность.
опять же стоит попробовать поменять местами диски (переткнуть местами кабели, оставив их в своих портах), возможно проблема в порту/кабеле
8 дисков 860evo в массиве raid10 гоняю, проблем нет.
смотрите в iostat/iotop кто юзает диск и какая утилизация
так-же проверьте точно ли он подключен в sata3 и попробуйте поменять местами старый и новый диски портами/кабелями