Потому что слово allow в кавычках

$res = "a:1:{s:7:\"'allow'\";s:1:\"1\";}";
$res = unserialize($res);
echo $res["'allow'"];

А почему, собственно, это поведение является для вас загадочным? Тут, по-моему, всё просто — ссылки относительные, значит берутся относительно текущего пути (обратите внимание на последний слеш в ссылке). Чтобы этого избежать без указания абсолютных ссылок, можно использовать тег base