VoidVolker

Возможно используется порт USB 3.0? Если так - то используйте порт 2.0. В ином же случае скорее всего проблемы в самой флешке и её следует заменить.

По сети, если сетевая карта поддерживает загрузку по сети.

Достаточно технологии обмена файлами:
1) Скопировать программу на мощный ПК
2) Запустить её
3) Забрать результат

Нет абсолютно никакого смысла объединять SSD через дополнительный RAID-контроллер, когда существуют PCI-E SSD, которые намного более производительнее. А еще есть новые высокопроизводительные накопители из новой серии Intel 3D-XPoint - Optane, которые намного быстрее и производительнее обычной флеш памяти.

Сейчас хочется получить такое же или более лучшее решение под новыми ОС, да и nncron глючит под новыми ОС, бесконечное сбои из-за отсутствия прав.

Что именно глючит? Семерка, восьмерка и десятка уже давно и официально поддерживается и все прекрасно работает.

Redmine - огромное поле по возможностям кастомизации задач, есть плагин для чата, и еще куча других плюшек и плагинов. А вот для мэйл-клиента можно заюзать любой веб-клиент и добавить линк на него в главное меню редмайна.

Что можно сдалть из домашнего сервера:
1) NAS;
2) Торрентокачалку;
3) Мультимедиа плеер;
4) Бэкап-сервер;
5) Сервер видеонаблюдения за парадной/подъездом/входом в дом/парковкой;
6) Второй компьютер и вывести его на второй монитор для полезных данных/кино/музыки/прочего;
7) Поставить линукс, забэкапить и отдать маме/папе/бабушке/дедушке/детям/родственнику.

Луше FreeBSD - только FreeBSD. Если стоит - не трогать. Открыть гугл и разобраться, спросить на форуме. Позвонить предыдущему админу и спросить как перенаcтроить и поставить ему бутылку сока. Кроме того, возможно там просто настроено так, что именно начальнику/ВИПу выдается более широкая полоса пропускания.
Во-первых такое решение даст плюс в карму, а во-вторых позволит улучшить свои собственные навыки, которые позже принесут свой профит (в карму, в портфолио, резюме, в репутацию, финансовый и т.п.).
Так же, хочу обратить внимание, что зачастую "админы"-новички, которые вот так не думая сносят работающий сервер и ставят туда окна/что-то свое родное - очень часто вылетают со своего места с гиперзвуковой скоростью и ощутимыми финансовыми потерями, если конечно начальники адекватные. Сам видел таких аналогичных фанатиков волею случая оказавшихся не в том месте :)

3. блок питания рабочий

Каким образом это было определено? Были измерены выходные напряжения при включении и нагрузке? Он был подключен к другому ПК? Он был заменен на заведомо исправный БП? Все очень похоже на неисправный БП: потому что с исправным БП харды запускаются независимо от наличия материнской платы.
Сервер собирался на столе или в корпусе? При переносе в другую стойку корпус могли немного погнуть/уронить/еще чего-то и где-то что-то могло замкнуть из-за перекоса. Имеет смысл собирать на столе.