VitalyChaikin

Иногда такой лаг возникал, когда один из юзеров, печатал на свой принтер и теперь при входе 1С как-то пытается найти этот принтер, а его нет (выключен в данный момент) Именно при терминальной работе наблюдалось.
Так что проверьте этот вариант.

Трудно вот так взять и перечислить ...
Ну скажем: программно создать и записать элемент справочника/документ.
Создать внешний отчет, обработку и подключить к Рабочей базе
Работать с запросами
Создавать интерфейс в управляемых формах
Делать/восстанавливать бекап SQL базы

Нужно указать: о какой точно конфигурации идет речь; и о каких именно операциях !
В целом как выше уже описали, проблему легко пронаблюдать с использованием Замера производительности;
Осложняется все это дело тем, что тормоза могут быть вызваны сторонними процессами типа: Регламентное задание, Запись в журнал регистрации, нет прав для создания временного файла, нет места на сервере, не правильные настройки кластера перезапускаются рабочие процессы;
Я бы начал все равно с замера производительности

Помимо всего уже сказанного, важно учитывать как будет работать программист. Обновления, исправления ошибок. Как правило этот момент является решающим аргументом в пользу RDP

Можно, но на мой взгляд не нужно ! Всем будет проще жить, если ты будешь формировать файл, а затем загружать в 1С данные из него (запуская обработку из 1С) После того как обработка будет готова, можно с помощью шедулера вызывать её раз в N минут;
Такая схема проста в отладке, проста в эксплуатации, и надежна !