Vindicar

У объекта "открытый файл" действительно нет метода replace(). Этот метод есть только у строк.
И ты открываешь файл для записи, тем самым опустошая его содержимое.
И вызов close() не нужен, так как по выходу из with файл закроется автоматически.

Тебе сначала надо открыть файл для чтения, прочитать содержимое файла в строку и закрыть файл.
Потом произвести замену. И учти, что replace() вернёт тебе новую строку, а не изменит исходную.
Потом открыть файл для записи, записать в него новую строку и закрыть файл.

У тебя в matrix_1 будут строки, а не числа.

Завернуть во внешнюю функцию и передать нужные объекты как параметры.

def setup(handler, bot, app):
    @handler.on_message()
    def do_stuff(event):
        pass

    @app.route('/stuff')
    def route_stuff():
        return "stuff"

Тогда в основном коде делаешь просто

import my_module
my_module.setup(handler, bot, app)

Только нужно гарантировать, что setup() будет вызван строго однажды.

Ну zip() тут ни к селу ни к городу... но в принципе можно использовать.
1. Введи строку.
2. Разбей на слова (split() в помощь)
3. Найди такое наибольшее N, что длина списка слов больше N*N. Т.е. если в списке 6 слов, то N будет 2, так как при N = 3 нам понадобится 9 слов для таблицы. Найти можно просто, извлеки корень из длины списка и отбрось дробную часть.
4. Построй список списков. Каждый элемент (т.е. каждый вложенный список) будет одним столбцом таблицы, и будет иметь длину N. Т.е. если оригинальный список слов будет words, то мы получим

columns = [ words[0:N], words[N:2*N], words[2*N:3*N], ... ]

и так далее. Так как число вложенных списков равно N, т.е. заранее неизвестно, это нужно будет сделать циклом.
5. Сделай цикл вида for row in zip(*columns):, тогда у тебя zip() возьмёт сначала первый элемент каждого столбца, и скомпонует из них кортеж row. Потом второй из каждого, потом третий, и т.д.
6. Строки из каждого кортеж row нужно вывести, разделив пробелом. Тут можно метод str.join() использовать.

Подозреваю, что file - это файловый объект, а не файл на диске. Так что file_path не соответствует никакому пути на твоей машине.

Потому что ты не понимаешь как работает or.
И не ты первый. Мне вот реально интересно, откуда вообще берётся идея, что логический (в первую очередь) оператор можно использовать таким образом? Машинный перевод с русского на питон, что ли? "Если айди равен тому ИЛИ этому"?
И что ты пытался сделать? Проверить, что iduser не равно ни одному из указанных id? Так тогда тебе не or нужен.
if iduser != АЙДИ1 and iduser != АЙДИ2:
Если айдишек много, практичнее будет in.
if iduser not in [АЙДИ1, АЙДИ2]:

Если each - это список, то тогда составь множество строк, соответствующих каждому элементу each.
Ты не написал, что такое self.strs, так что приходится использовать его.
strs_each = set( sefl.strs[e] for e in each )
А дальше просто, если длина strs_each больше 1, то есть разные строки.

s2 = values+'@'+keys
values будет списком, keys (почему keys, когда это отдельный ключ?) - строкой, как и '@'. Собственно, тебе ошибка про это и говорит.
Что ты вообще ожидал получить в s2?

n = print(item['name'])
В-первых, ничего не выводит куда?
Во-вторых, print() выводит данные в стандартный вывод, обычно в консоль. В дискорд через неё ничего не послать.
Во-третьих, print() всегда возвращает None. Так что n всегда будет None, и присваивание не имеет смысла.
В-четвертых, почему не использовать нормальный обработчик команд из discord.ext.commands.Bot? Он тоже позволяет реагировать на сообщения, в придачу к остальным полезностям именно для бота. Это при условии, что ты хочешь именно реакцию на сообщение и не согласен обойтись обычной командой.
В-пятых, если ты не уверен, что такое print(), почему ты пытаешься писать ботов?

Ну про мелочи, вроде "бот парсит игры только при запуске, и не обновляет информацию в дальнейшем" я не говорю...

Если под Windows, то придётся использовать WinAPI.
GetConsoleWindow() чтобы получить дескриптор окна консоли.
SetForegroundWindow() чтобы сделать это окно активным.
SetWindowPos() вообще для перемещения/изменения размеров окна, но также имеет параметры для задания окна "поверх всех".
Для вызова функций WinAPI из-под питона смотри модуль ctypes.

sqlite3 не потоко-безопасна - если ты одновременно обращаешься к базе из нескольких потоков, это может запороть базу.
Соответственно, по умолчанию библиотека проверяет, что подключение к базе используется тем же потоком, который создал этот подключение - т.е. что оно ограничено рамками одного потока. Если это не так, выбрасывается исключение. Это поведение по умолчанию, чтобы новички потом не плакались "почему у меня иногда база портится?!!"

Но если ты очень осторожен и не допускаешь одновременных запросов (с помощью синхронизации по мьютексу. например), то можно безопасно использовать одно подключение из нескольких потоков. Тогда можно сказать sqlite "не дергайся насчёт потоков, я знаю что делаю". Вот эту возможность (подавить проверку) и предоставляет параметр check_same_thread = False.

Хранить список команд в каком-то хранилище, очевидно.
Формат хранилища - на твоё усмотрение.
ini файл легко правится пользователем (при необходимости), но ограничен в сложности структуры (секции - значения, два уровня).
json файл менее человеко-читаем, но поддерживает произвольную вложенность (можно представить дерево объектов).
БД типа sqlite не человеко читаема от слова "совсем", но позволяет формировать более сложные структуры чем дерево.

С учётом специфики задачи, я бы посоветовал json.

aioschedule