Если под Windows, то придётся использовать WinAPI.
GetConsoleWindow() чтобы получить дескриптор окна консоли.
SetForegroundWindow() чтобы сделать это окно активным.
SetWindowPos() вообще для перемещения/изменения размеров окна, но также имеет параметры для задания окна "поверх всех".
Для вызова функций WinAPI из-под питона смотри модуль
ctypes.