Хранить список команд в каком-то хранилище, очевидно.
Формат хранилища - на твоё усмотрение.
ini файл легко правится пользователем (при необходимости), но ограничен в сложности структуры (секции - значения, два уровня).
json файл менее человеко-читаем, но поддерживает произвольную вложенность (можно представить дерево объектов).
БД типа sqlite не человеко читаема от слова "совсем", но позволяет формировать более сложные структуры чем дерево.
С учётом специфики задачи, я бы посоветовал json.
