Kohana хороший фреймворк, но слишком «простой» для больших проектов.
Yii хорош, т.к. многие вещи уже написаны за вас, оформлено в виде расширений, многие сложные вещи, делаются одной строчкой(правда несколько раз сталкивался с тем, что очень простые вещи одной строчкой не получаются =) ).
Если проект крупный, то Yii или Symfony2. Кохану крупный проект не рекомендую.
А вообще, раз проект на год и более и вы морально готовы к новому, то это отличный повод глянуть в сторону RoR.