Какой путь прописать для upload_tmp_dir?

к примеру для папки /var/www/mysite/ - владелец - пользователь nginx (полный доступ) и группа mysite (только чтение), а остальным все запрещено

Ну нет же, не nginx. Зачем nginx'у полный доступ? При обнаружении уязвимости в nginx, такие права позволят взломать сайт. Сделайте себя владельцем всех папок и файлов сайта. Тогда вы сможете обновлять сайт без лишних проблем, а nginx и php нет, так как получают права группы, у которой права на запись есть только в специальные папки (сессии, tmp и т.п). Nginx получает доступ на чтение, так как состоит одновременно в группах mysite и example.

Разграничение доступа группами работает только при использовании нескольких php-fpm пулов. Насколько я понял, вы не собираетесь делать отдельный пул для каждого сайта, поэтому заморочки с пользователями и группами не нужны.

Какой путь прописать для upload_tmp_dir?

Если разграничивать доступ группами, то без вариантов необходимо использовать отдельный пул для каждого сайта. Если же не хочется плодить пулы, то конфигурацию каждого хоста нужно вписывать в php.ini при помощи секций.

или это делается, просто путем перечисления все возможных путей, типа:
php_value[open_basedir] = /var/www/example.com/:/tmp/:/var/www/mysite.com/ ?

Такая настройка сводит на нет всю идею open_basedir, так как скрипты сайта example.com будут иметь доступ к папке mysite.com.

Имея 2 домена: example и mysite, задаем права:
chmod nginx:mysite -R 750 /var/www/mysite/
chmod nginx:example -R 750 /var/www/example/
тем самым пользователь www-data - или другой, но не nginx, который не имеет прав доступа к этой папке

Написали "... или другой, но не nginx, ...", но при этом "chmod nginx:mysite". Как же так?

Какой путь прописать для upload_tmp_dir?

В конфиге nginx нельзя устанавливать опции PHP с уровнем PHP_INI_SYSTEM, который как раз и имеют open_basedir (с оговорками), upload_tmp_dir и sys_temp_dir. Опция session.save_path имеет уровень PHP_INI_ALL, поэтому её можно установить откуда угодно. Хоть из php скриптов.

PHP_INI_SYSTEM можно установить только в php.ini или конфигурации пула:

php_value[open_basedir] = /var/www/mysite.ru/:/tmp/
php_value[upload_tmp_dir] = /var/www/mysite.ru/tmp/
php_value[sys_temp_dir] = /var/www/mysite.ru/tmp/
php_value[session.save_path] = /var/www/mysite.ru/sessions/

Конфигурации пулов могут быть в отдельных файлах в папке /etc/php7/pool или в одном - это дело вкуса. Проще разделять по разным.

Что до разделения по юзерам, то нужно создавать отдельные пользовательские группы для каждого сайта:

; Имя пула
[mysite]

; Пользователь и группа
user = www-data
group = mysite

; Прием FastCGI-запросов
listen = /var/run/mysite.sock

; Пользователь и группа, который будет владельцем unix сокета
listen.owner = nginx
listen.group = nginx

; Права на чтение и запись
listen.mode = 0660

; добавляем конфиг php
php_value[open_basedir] = /var/www/mysite.ru/:/tmp/
php_value[upload_tmp_dir] = /var/www/mysite.ru/tmp/
php_value[sys_temp_dir] = /var/www/mysite.ru/tmp/
php_value[session.save_path] = /var/www/mysite.ru/sessions/

; Имя пула
[vasya]

; Пользователь и группа
user = www-data
group = vasya

; Прием FastCGI-запросов
listen = /var/run/vasya.sock

; Пользователь и группа, который будет владельцем unix сокета
listen.owner = nginx
listen.group = nginx

; Права на чтение и запись
listen.mode = 0660

; добавляем конфиг php
php_value[open_basedir] = /var/www/vasya/:/tmp/
php_value[upload_tmp_dir] = /var/www/vasya/tmp/
php_value[sys_temp_dir] = /var/www/vasya/tmp/
php_value[session.save_path] = /var/www/vasya/sessions/

Соответственно, права и владелец папки /var/www/mysite.ru должны быть tolly:mysite и 750, а у /var/www/vasya - tolly:vasya и 750.

Не сильно важно от какого пользователя будут запускаться разные php-fpm пулы, главное чтобы не от nginx или tolly. Разграничение доступа при такой схеме строится только на группах.

Пользователь nginx должен состоять одновременно в группах mysite и vasya, чтобы иметь доступ к файлам всех сайтов, тогда как php-fpm пул будет иметь доступ только к своей папке, но не к папке соседа.

Неправильно приходят байты?

Возможно из-за того, что кор.

Неправильно приходят байты?

Размер пакета регулируется операционной системой. Повлиять на это вы не можете.

Неправильно приходят байты?

Никак. Это фундаментальная особенность работы сети. Если не хотите заниматься сборкой пакетов вручную, то найдите того, кто будет делать это за вас. Я не в курсе что предлагает spigot для решения этой проблемы, но видел плагин ProtocolLib. Вероятно, он может помочь.

Как команда ping преобразует адреса?

Тут не в протоколе дело, а в софте, его имплементирующем. Судя по всему, протестированные вами реализации SSH и RDP используют эту же самую функцию для преобразования адреса из char массива в структуру in_addr. Только и всего.

Как запретить на сайте нажатие CTRL+SHIFT+I и F12?

Так автор не знает - можно или нет. Иначе не спрашивал бы.

PHP SOAP и сертификат?

Тем не менее, другие люди будут приходить из гугла и копипастить ваш ответ в свои проекты бездумно, даже не догадываясь о последствиях. Хотя бы добавьте в ответ ремарку о том, что это решение костыльное и небезопасное.

Как вывести все существующие символы?

На каком языке требуется пример? В тегах java и javascript, а в примере вообще php. Три совершенно разных языка.

Зачем и где именно писать @Override?

Показателен пример с переопределением Object.equals(Object) - люди часто ошибаются с сигнатурой: class MyClass { public boolean equals(MyClass o) { /* blah-blah */ } }. В итоге определили новый метод, а не переопределили родительский. Причём ошибка может не сразу обнаружиться.

Ладно equals() можно запомнить очень быстро. Базовый метод, как-никак. Часто на слуху. Но в нетривиальных случаях можно неплохо подпортить себе нервы, пытаясь отдебажить проблему, которую можно было переложить на компилятор аннотацией @Override.

Навыки PHP программиста

Получается я прав, но только на половину.

Навыки PHP программиста

Правильный ответ: обе одинаковые. На самом деле тут дело не в передаче объекта по ссылке, а во особенностях работы интерпретатора с памятью. Например, $str = '123'; $str2 = $str; В памяти будет только один объект со строкой '123', $str и $str2 указатели на один и тот же объект. Новый объект для $str2 выделится только во время модификации.

$str = '123';
$str2 = $str;
$str2 .= '4'; // копирование объекта происходит только на этом этапе
print $str.'-'.$str2; // 123-1234